纖維素的降解主要依靠細菌和真菌等微生物分泌纖維素酶完成。一般來說,纖維素酶按照其催化功能可分為3大類:外切-β?1,4-葡聚糖酶(exo-β?1,4-glucanases/cellobiohydrolases),內(nèi)切-β?1,4-葡聚糖酶(endo-β?1,4-glucanases)和β-葡萄糖苷酶(β?1,4-glucosidases)。
研究表明,結(jié)晶纖維素的徹底降解至少需要這3組纖維素酶的協(xié)同作用:外切酶水解纖維素的結(jié)晶區(qū),從纖維素鏈的還原端(reducing end)或非還原端(non-reducing end)開始持續(xù)水解,釋放纖維二糖,是水解天然纖維素底物的首要條件;內(nèi)切酶主要作用于纖維素的非結(jié)晶區(qū),隨機水解纖維素鏈中的糖苷鍵,把纖維素的長鏈切斷,變成大量不同聚合度的纖維素短鏈,使得纖維素分子的聚合度降低,可供外切酶作用的纖維素鏈末端數(shù)增加;β-葡萄糖苷酶則主要水解纖維二糖和可溶性纖維寡糖,最終將纖維素轉(zhuǎn)化為可利用的葡萄糖。在這個過程中,主要的限速步驟是外切酶對結(jié)晶纖維素的水解,目前發(fā)現(xiàn)的外切酶存在數(shù)量少,效率不高的問題。
近年來有科學家發(fā)現(xiàn)有一種內(nèi)切酶也可以作用于結(jié)晶纖維素,像外切酶一樣從結(jié)晶表面剝離出一條纖維素單鏈以后在上面持續(xù)滑動,命名為持續(xù)性內(nèi)切纖維素酶。與傳統(tǒng)外切酶的“threading(穿針)”不同,持續(xù)性內(nèi)切纖維素酶的催化結(jié)構(gòu)域是開放的裂隙,每走一步釋放一個纖維四糖。因此,雖然水解效率提高了,但是與底物的親和力不夠強,容易脫落,導(dǎo)致整體效率仍然無法提高。
中科院青島能源所研究員李福利帶領(lǐng)的分子微生物工程研究組在一株嗜熱纖維素降解菌株Clostridium cellulosi CS-4-4中發(fā)現(xiàn)了一個多模塊的持續(xù)性內(nèi)切纖維素酶CcCel9A(Appl Environ Microbiol, 2014, 80(8): 2592-2601),該酶每滑動一步釋放一個纖維四糖,而且含有多達5個底物結(jié)合模塊(CBM),保證了酶和底物的有效吸附,整體水解效率比之前報道提高一倍。研究組與山東大學微生物技術(shù)研究院王祿山教授及蛋白質(zhì)設(shè)計研究組姚禮山研究員合作,CcCel9A的各個模塊及活性中心關(guān)鍵位點的功能得到解析。
結(jié)果表明,CcCel9A中C末端的CBM3b模塊主要負責破壞結(jié)晶結(jié)構(gòu),中間的3個CBMX2模塊協(xié)助吸附底物,而靠近催化結(jié)構(gòu)域的CBM3c模塊的功能是為活性中心提供纖維素單鏈,其表面非常平坦,相當于把活性中心的底物結(jié)合位點延長到13個亞位點。當單鏈進入活性中心以后,底物結(jié)合亞位點+1/+2利用氫鍵作用力使底物與CBM3c模塊分離,然后產(chǎn)物釋放亞位點-4~-1將單鏈拉動到-4位置,催化位點在+1與-1之間將單鏈切斷,纖維四糖釋放(圖1)?傊,CcCel9A通過多個CBM模塊,13個底物結(jié)合亞位點以及大產(chǎn)物(纖維四糖)的釋放來增強底物和酶的相互作用,大大彌補了開放催化結(jié)構(gòu)域的不足;谝陨涎芯拷Y(jié)果,他們提出了多模塊持續(xù)性內(nèi)切纖維素酶降解結(jié)晶底物的新模式—“wirewalking (走鋼絲)”模式。
圖1 持續(xù)性內(nèi)切纖維素酶CcCel9A的“走鋼絲”工作模式
相關(guān)論文已于近日被Biomacromolecules雜志接收,張坤迪助理研究員為第一作者,李福利研究員與王祿山教授為共同通訊作者。
該研究獲得了科技部973基礎(chǔ)研究計劃、國家自然科學基金以及山東省自然科學杰出青年基金的支持。
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